ツリービューでサーバーからダウンロードしたコンテンツを入れるフォルダをワークスペース内にあるフォルダの中から選択し、メニュー[編集→フォルダ編集を開始]を選択します。

サーバー内のダウンロードしたいページやフォルダをリストビューから選択し、並べ替えエリアへドラッグ＆ドロップして編集中のフォルダ内にダウンロードします。